Molte delle malattie autoimmuni associate alla celiachia sono endocrinopatie, primo tra tutti il diabete mellito tipo primo, la tiroidite di Hashimoto e la malattia di Addison. Da segnalare anche l’associazione con la sindrome di Sjiogren, la psoriasi, l’artrite reumatoide, l’epatite autoimmune, la colangite sclerosante, l’alopecia areata.
La stretta osservanza della dieta riduce ma non elimina del tutto il rischio di sviluppo di patologie autoimmuni associate alla celiachia.